Organisaatio
Kauppapuutarhaliiton toimintaa ohjaavat hallintoneuvosto ja johtokunta.
Hallintoneuvosto
Hallintoneuvosto valitaan liitolle vuosikokouksessa alueellisten piirien asettamista ehdokkaista kahdeksi vuodeksi kerrallaan. Vuosikokous valitsee liitolle puheenjohtajan vuodeksi kerrallaan. Se valitsee myös liiton asioita hoitavan ja liittoa edustavan johtokunnan.
Hallintoneuvostoon kuuluu puheenjohtajan lisäksi niin monta jäsentä kuin piirien luku- ja jäsenmäärä edellyttää. Hallintoneuvoston tehtävänä on valvoa, että liiton toimintaa hoidetaan lain, sääntöjen sekä vuosikokouksen ja hallintoneuvoston päätösten mukaisesti.
Johtokunta
Liittoa edustaa ja sen asioita hoitaa johtokunta. Siihen kuuluu puheenjohtaja ja viisi jäsentä, joiden toimiaika on kaksi vuotta. Johtokunnan tehtävänä on hoitaa liiton asioita lain, sääntöjen sekä vuosikokouksen ja hallintoneuvoston päätösten mukaan. Liiton toiminnan päivittäisestä johtamisesta huolehtii johtokunnan valitsema toiminnanjohtaja. Kauppapuutarhaliiton toiminnanjohtajana on toiminut Niina Kangas vuodesta 2022 lähtien.
Kauppapuutarhaliitto jakautuu toimintaansa ja hallintoa vartentuotantosuunnan mukaisiin jaostoihin ja alueellisiin rekisteröimättömiin piireihin, joiden lukumäärän ja nimet hallintoneuvosto määrää.
Jaostot
Jaostot ovat yhteistyöelimiä, joiden tehtävänä on käsitellä ja hoitaa jaostojen piiriin kuuluvien viljelijöiden ammatillisia ja kaupallisia asioita. Kauppapuutarhaliiton jäsenyritys kuuluu automaattisesti omaa viljelytoimintaansa vastaaviin jaostoihin. Jäsenyritykset voivat vapaasti osallistua muidenkin jaostojen kokouksiin ja retkiin. Jäseneksi voi liittyä ilmoittamalla siitä jaoston sihteerille. Jaoston toiminnasta päättää jaoston jäsenistön vuosikokous.
Piirit
Kauppapuutarhaliitolla on kymmenen piiriä. Piireillä on kullakin yksi jäsen hallintoneuvostossa, paitsi Varsinais-Suomen piirillä ja Pohjois-Suomen piirillä kaksi. Piirit järjestävät kokouksia, vierailuja jäsenpuutarhoille ja kotimaan opintomatkoja sekä virkistystoimintaa.