Nykyisen Kauppapuutarhaliiton edeltäjä, Suomen Kauppapuutarhureiden seura – Finlands Handelsträdgårdsmästarnas Förening, perustettiin Helsingissä 6.12.1919. Vuonna 1929 järjestön nimi muutettiin Suomen Kauppapuutarhurien liitoksi ja vuonna 1945 Kauppapuutarhaliitoksi.
Vuonna 1945 luovuttiin henkilöjäsenyydestä ja yritykset tulivat liiton jäseniksi. Liiton hallinto organisoitiin nykyistä muistuttavalla tavalla kolmiportaiseksi: vuosikokous, hallintoneuvosto ja hallitus. Jäsenmäärä oli vuonna 1945 252 yritystä ja kasvoi tästä aina vuoteen 1957 asti. Tällöin jäseniä oli yli tuhat.
Liitto vietti satavuotisjuhliaan vuonna 2019.
Hallintoneuvoston puheenjohtajat
Erkki Nylund, Liperi 2013 –
Eija Jakobsson, Hollola 2006 – 2013
Pekka Rönkkö, Pyhäsalmi 1989 – 2006
Erkki Koivuniemi, Kauhajoki 1984 – 1989
Kalle Sipilä, Hämeenlinna 1974 – 1984
K.A.Vakkuri, Hyvinkää 1959 – 1974
Herman Westerlund, Kerava
Johtokunnan puheenjohtajat
Jali Murto, Turku 2009 –
Timo Juntti, Kaarina 2001 – 2009
Esko Murto, Turku 1984 – 2000
Tauno Niinivirta, Turku 1975 – 1983
Kalle Sipilä, Hämeenlinna 1965 – 1974
Reino Murto, Turku 1958 – 1965
Alvar Luotonen, 1953 – 1957
Väinö Koskinen, Pakila 1945 – 1953
Toiminnanjohtajat
Niina Kangas 2022 –
Jyrki Jalkanen 2008 – 2021
Ismo Ojala 1992 – 2008
Matti W. Kalevi 1960 – 1992
Heikki J. Levonen 1958 – 1959
Claus Karlsson 1954 – 1958
K.A. Vakkuri 1951 – 1954
Alvar Luotonen 1947 – 1951
Aku Lännenpää 1940 – 1946
O.H. Björklund 1938 – 1939
Ossian Lunden 1920 – 1937
Paul J. Björk 1919 – 1920
